Contexte

« Récemment, des individus sans aucun lien entre eux ont manifesté des dons pour le moins particuliers. Même s'ils n'en ont pas encore conscience, ces individus vont sauver le monde et le changer à jamais. Ce passage de l'ordinaire à l'extraordinaire ne se fera pas du jour au lendemain. Toute histoire a un début, leur épopée commence ainsi... »

1845
Quand John Howlett est tué par son domestique Thomas Logan, son jeune fils James découvre en même temps sa nature de mutant et sa véritable filiation. Sous le coup de la douleur d’avoir perdu son père, des griffes d’os surgissent entre ses phalanges, dont il se sert pour éventrer le meurtrier. Dans un dernier soupir, ce dernier lui confie être son véritable père. Épouvanté par toutes ces révélations, accablé par le regard de sa mère, James Howlett s’enfuit à travers les bois enneigés. Il est rejoint par son frère Victor, mutant lui aussi, qui lui garantit son soutien dans toutes les épreuves à venir.

1943
Steve Rogers (Captain America) veut s'engager en tant que militaire, mais sa demande est rejetée suite à ses problèmes de santé et de physique. Après avoir été à une exposition à Flushing, « Le monde de demain » avec son ami Bucky Barnes, Rogers tente à nouveau de s'engager. Après une petite conversation avec Barnes concernant sa contribution dans la guerre, le Dr. Abraham Erskine autorise Rogers à être engagé. Il est recruté pour l'expérience de "super-soldat" sous le regard d'Erskine, Colonel Chester Phillips, et de l'agent britannique Peggy Carter. Phillips remet en doute le choix d'Erskine concernant Rogers mais revient sur ses doutes lorsqu'il balance une fausse grenade et que Rogers tente de se sacrifier pour sauver la vie des autres. La nuit avant le traitement, Erskine révèle à Rogers que Schmidt, après avoir créé une version du traitement, avait souffert d'effets secondaires.
À Brooklyn, Erskine place Rogers pour son expérience et lui injecte un sérum spécial ainsi qu'une dose de "Rayon-Vita". Après l'expérience, Rogers en ressort musclé et plus grand ; par la suite, l'un des individus du public tue Erskine et se révèle être un assassin envoyé par Schmidt, Heinz Kruger. Rogers poursuit et capture Kruger, mais l'assassin se suicide en ingérant une petite capsule de cyanure avant d'être interrogé.

1944
Dans un camp de concentration allemand en Pologne, le Dr Scmidt découvre les aptitudes d’un jeune enfant juif capturé, Erik Lensher (Magnéto). Celui-ci a montré une capacité à contrôler les champs magnétiques, lui permettant de manipuler le métal, en déformant un grillage pour libérer sa mère. Afin de le forcer à utiliser ses pouvoirs sur une pièce de monnaie, Schmidt tue la mère d'Erik sous ses yeux, provoquant la colère de l'enfant et la destruction de tous les objets métalliques de la pièce. Au même moment, dans un manoir du Comté de Westchester, le jeune télépathe Charles Xavier fait la rencontre de Raven dans sa cuisine ; loin de chasser la métamorphe qui s'est introduite par effraction, il lui propose de l'héberger et de l'aider.
Lors d’une mission en Pologne du Captain America et du mutant Wolverine, ceux-ci ont permis au jeune Erik de fuir cet enfer… Mais à quel prix ?

1975
Charles Xavier soutient une thèse sur la mutation génétique. Au même moment, l’agent de la CIA Moira MacTaggert découvre l’existence des mutants en surprenant une rencontre entre un colonel et le Club des Damnés. Face à cette nouvelle menace, elle décide de demande de l’aide à un jeune professeur : Charles Xavier. Ce dernier comprend très vite que le Club des Damnés est constitué de mutants, cherchant à dominer le monde au niveau économique et politique. Il crée avec l’aide d’Erik Lensherr, la Division X de la CIA.

Avec l'aide du savant Hank McCoy, lui-même mutant, ils utilisent une première version de Cerebro pour repérer d'autres mutants et commencent à recruter : des jeunes hommes et des jeunes femmes de tous bords rejoignent le siège de la CIA et se trouvent des pseudonymes : Havok, Darwin et le Hurleur rejoignent Mystique et ceux qu'ils surnomment le Professeur X et Magnéto.

Les mutants entament donc une période d'entraînement intensif au manoir de Xavier, dans le but de mettre fin au projet de Sebastian Shaw et Séléné Gallio alors à la tête du groupe. Suite à la capture de Séléné, la division mis fin au agissement du Club des damnes. Toutefois, les opinons de Magnéto et du Professeur X, quand au rôle du mutant sur son rôle à jouer dans l’évolution mis fin à la Division X et au début de la Confrérie et à la naissance des X-Man.

1981
Six ans après la guerre du Viêt Nam, le projet Arme X fut activé et de nombreux mutant fut la cible de cette organisation dans le but de créer l’arme parfaite. Stryker offre au mutant Wolverine de le rendre invulnérable en recouvrant son squelette d’un amalgame d’adamantium, un métal indestructible provenant d’une météorite. L’opération réussit au prix d’une incroyable souffrance pour le cobaye.

À la centrale nucléaire de Three Mile Island, Stryker a synthétisé les pouvoirs pour créer un mutant artificiel : l’Arme XI. Il s’agit en fait de Deadpool, remodelé après quelques opérations. Durant l’affrontement entre Wolverine et le Pool, le Professeur Xavier rentra en contacte télépathique avec un des mutants présents le jeune Scott Summers alors en compagnie de la jeune Emma Frost.